南京组团去云南旅游的路线如下：

1. 南京——昆明：首先抵达昆明，游览翠湖、石林、九乡等经典景区。

2. 昆明——大理：乘坐高铁或汽车前往大理，游览大理古城、洱海、三塔等景点。

3. 大理——丽江：继续前往丽江游览丽江古城、黑龙潭、束河古镇等。

4. 丽江——香格里拉：前往香格里拉，欣赏普达措公园、松赞林寺等自然风光与人文景观。

5. 香格里拉——泸沽湖：游览泸沽湖，体验摩梭族风情。

6. 泸沽湖——昆明：返回昆明，途中可游览楚雄、元谋土林等地。

7. 昆明——西双版纳：前往西双版纳，游览热带植物园、曼听公园、星光夜市等。

8. 西双版纳——普洱：游览普洱品味普洱茶文化。

9. 普洱——昆明：返回昆明，结束愉快的云南之旅。

此路线涵盖了云南的主要景点让游客充分感受云南的自然风光与民族风情。