玉里出现黑色的东西主要有以下几个起因：

1. 杂质存在：玉石在形成期间会吸收周围的矿物质其中若干黑色矿物如石墨、铬铁矿等就会形成黑点或黑斑。

2. 地质作用：在地质变化进展中玉石可能遭受外力作用，如压力、温度变化等，造成内部结构发生变化，形成黑色的矿物团块或丝状物。

3. 表面侵蚀：玉石表面在长时间的风化作用下，或许会形成大小不一的凹坑和沟槽，这些凹槽中可能存在积累若干黑色的杂质或氧化物。

4. 颜色变化：某些玉石中的黑色部分实际上是深绿色的体现，在光线下可能呈现出黑色或深墨绿色。

5. 矿物组成：不同的玉石品种中，黑色部分可能由不同的矿物组成，如角闪石、铬铁矿残余等，这些矿物在玉石中形成了黑色特征。

6. 抛光效果：玉石在抛光期间，若解决不当，也可能造成表面出现黑色的杂质或斑点。

7. 天然特征：天然玉石往往存在一定的瑕疵，这些黑点或黑斑是玉石自然形成的一部分，体现了其天然属性。

玉石中的黑色物质是多种因素共同作用的结果，既可能是杂质、地质作用的产物，也可能是表面侵蚀、颜色变化、矿物组成、抛光效果或天然特征的体现。